Desde 1985 la investigación en informática en el INCO se ha desarrollado en forma conjunta con el Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas (PEDECIBA Informática). Más recientemente también han sido importantes los instrumentos ofrecidos por la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) y el Sistema Nacional de Investigadores (SNI).
El INCO realiza actividades de investigación a través de grupos académicos que nuclean a su personal docente.
Entre otras actividades, se desarrollan proyectos de investigación con financiación nacional, regional e internacional, posgrados locales y extranjeros y convenios con instituciones públicas y privadas.
Los resultados de las investigaciones llevadas a cabo por los docentes del INCO, son publicados en revistas y conferencias arbitradas, así como reportes técnicos, patentes y tesis de posgrado.